有一次，公冶长从卫国返回鲁国，走到两国交界处，听见鸟儿们相互招呼，要前往清溪吃死人肉。走不多远，公冶长看见一个老婆婆在路上哭，问她哭什么，她说：“我儿子前不久出去了，至今没有回来，恐怕已经死了，不知他在什么地方。”
公冶长说：“我方才听见鸟儿们要到清溪吃人肉，该不会是您儿子吧？”
老婆婆前去一看，果然是她儿子死在清溪边。她将此事报告了官吏。官吏想：“如果公冶长没有杀人，他又怎么会知道此事呢？”于是以涉嫌杀人的罪名将公冶长逮捕入狱。
在狱中，公冶长解释自己没有杀人，而是能听懂鸟语，才知道死了人。狱吏说：“那么我们就试试你，如果你真能听懂鸟语，就释放你；如果听不懂，就让你偿命。”
公冶长被关在狱中六十天。一天，有麻雀飞到狱墙上吱吱喳喳地叫。公冶长听了，赶紧把狱吏叫来，说：“麻雀刚才说，白莲水边有辆装粮食的大车翻了，公牛折断了角，地上的粮食打扫不干净，麻雀们互相招呼去啄食。”
狱吏不信，派人去看，果然同公冶长讲的一样；后来又发现他听得懂燕子的言语，于是终于相信他无罪，将他释放。
《绎史卷九十五》记载了另一个公冶长懂鸟语的故事。
公冶长因为贫困，家里没有吃的，大白天闲坐着饿得发慌。这时候，一只麻雀飞到他家的房檐上，开口说道：“公冶长，公冶长！南山有个虎驮羊，尔食肉，我食肠，当亟取之勿彷徨！”公冶长就跑去南山，果然找到了死羊。他把羊内脏分给了麻雀，自己提着羊肉回家了。
不多久，丢失羊的人也找到了南山，又顺着血迹来到公冶长家。一看，公冶长已经吃饱了羊肉，羊角羊骨头还堆在地上。羊主人大怒，不容分说把公冶长扭送官府。公冶长陈述了事实经过，但是官府哪里肯信，还是把公冶长依照偷盗罪丢进牢里。
孔子情知公冶长冤枉，去找鲁国国君辩白，也不顶事，只好说：“虽在缧绁之中，非其罪也。（《论语·公冶长》）”
公冶长沮丧地蹲在牢里，正发愁呢，那只麻雀又从窗棂里飞了进来，说道：“公冶长，公冶长！齐人出师侵我疆。沂水上，峄山旁，当亟御之勿彷徨！”公冶长听了，赶紧叫来狱卒，报告了这个消息。狱卒不敢怠慢，马上上报，最后报到鲁国国君那里。国君半信半疑地派人按照麻雀的指引去瞧，果然齐国军队已经朝着鲁国进发了。鲁国军队马上做好应战准备，让齐国人没有占到便宜。
经过了这件事，鲁国国君才相信公冶长是冤枉的，于是把他释放了。
明朝的《青州府志》也讲了公冶长懂鸟语的故事：
一天，有一只猫头鹰飞来对公冶长说：“冶长冶长，南有死獐！子食其肉，我食其肠！”公冶长一听，就放下手中的事情往南边去找，果然找到一只被野兽咬死的獐子。公冶长把整只獐子都扛回家去，什么也没给猫头鹰留下。猫头鹰很气愤，但也无可奈何，只好绕了两圈飞走了。
过了几天，猫头鹰又飞来对公冶长说：“冶长冶长，北有死羊！子食其肉，我食其肠！”公冶长心里暗喜，忙不迭地往北跑，很快就看见前面远处一群人围着什么东西在看。公冶长想：“糟了！死羊被别人先看见了！”他赶紧大声喊：“都不准动，是我打死的！那是我打死的！”
围观的人群纷纷惊讶地转过来看着公冶长，公冶长扒开人群一看，地上躺的竟然不是死羊，而是一个脑袋开了瓢儿的死人！他一下子瘫倒在地上，这时候两个官差走上来，不由分说给公冶长上了枷锁，说：“跟我们走一趟吧！”
公冶长到了官府，反复辩白自己没有杀人。审问的官员就问：“那么你说‘是我打死的’是什么意思呢？你打死了什么呢？”公冶长支支吾吾说不上来，最后被关进了大牢。
本来，这个故事到这里就结束了，但我们不忍心让公冶长一直呆在牢里，于是从百度百科摘了一个结尾补上：
（这个官员倒是个心思缜密的人。他觉得公冶长也不至于蠢到杀了人满街嚷嚷，就）叫差役瞒着公冶长，逮一个小燕子装在一个笼子里，提到大堂上，这时老燕子飞来，在外面乱叫。官员问公冶长：“外边燕子说什么？”公冶长听了听，说：“外边的燕子在说：我一没有得罪你，二没有碍着你，为什么把我的孩子关在笼子里？”这时大家才真正相信公冶长懂得鸟语，确定他没有杀人，把公冶长放了。
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